הלימודים בחוג לפילוסופיה יהודית עוסקים במחשבה היהודית מימי בית שני (אפוקליפטיקה, הלניזם, כיתות) ובהגות חז"ל על ענפיה. כמו כן עוסקים הלימודים בהוגים היהודיים הגדולים בימי הביניים (כגון שלמה אבן גבירול, יהודה הלוי, הרמב"ם, חסדאי קרשקש ויצחק אברבנאל) ובעת החדשה (כגון שפינוזה, משה מנדלסון, רנ"ק, הס, הרמן כהן, פרנץ רוזנצוויג, מרטין בובר, א"ד גורדון והרב קוק).