החוגים המציעים לימודים לתואר שני ושלישי

הלימודים לתואר "מוסמך אוניברסיטה" מתקיימים במסגרות החוגים או בתי-הספר .
החוגים המציעים לימודים לתואר שני הם:

- אנגלית ולימודים אמריקניים

- ארכיאולוגיה ותרבויות המזרח הקדום

- בלשנות

- גאוגרפיה וסביבת האדם

- היחידה למחקר התרבות

- היסטוריה כללית:

- היסטוריה של המזה"ת ואפריקה

- היסטוריה של עם-ישראל

- לימודי הערבית ואסלאם

- לימודי התרבות העברית:

הלשון העברית
בלשנות שמית
מקרא
תלמוד וספרות העת העתיקה (במגמה זו לומדים לקראת התואר השני בתלמוד או בפילוסופיה יהודית, על פי אופי ההתמחות)
קבלה וחסידות (במגמה זו לומדים לקראת התואר השני בפילוסופיה יהודית)
פילוסופיה יהודית

- לימודים קלאסיים

- ספרות

- פילוסופיה

- צרפתית

ידיעון תשס"ח