התוכנית לתואר שני בפיזיותרפיה מקנה מיומנויות מחקריות, יכולת להערכה ביקורתית של טכניקות טיפוליות מקובלות בפיזיותרפיה, והרחבת בסיס הידע בתחומים קליניים נוספים. החוג לפיזיותרפיה מחויב למצוינות בהוראה ובמחקר ומכשיר את בוגרי החוג להעניק את הטיפול הרפואי לנדרשים לטיפול פיזיותרפיה בכל תחום, וכן לשלב בין העשייה הקלינית לבין העשייה המחקרית והאקדמית.