תכנות PYTHON לביולוגים (0411.3122) תכנות Python לביולוגים

סילבוס - תכנות Python לביולוגים הקורס מיועד לסטודנטים לתואר שני בביולוגיה מעוניינים בהרחבת הידע והכישורים שלהם בתכנות וביולוגיה חישובית. הקורס ישלב לימוד מעשי בשפת התכנות Python עם הבנת מודלים חישוביים וניתוח של נתונים ביולוגיים, כגון ניתוח רצפים, פילוגנזה, מודלים מתמטיים של תהליכים ביולוגיים, ויזואליזציה של תוצאות ותצפיות וניתוחים סטטיסטיים. תנאים מוקדמים: אין. הרכב הציון: בחינה 50%, פרוייקט ומצגת 50%. מנחים אקדמיים: פרופ 'לילך הדני וד"ר איתי מירוז. הקורס יועברו על ידי עוזרי הוראה (דוקטורנט ומסטרנט). תכנית מפורטת: # Subject Programming Biology 1 Basic programming Variables, operators, flow control (if, for, while) 2 Data structures List, string, dictionary Sequences (DNA, AA) 3 Computer lab String matching with regular expressions Sequences 4 Functions Arguments, return values, scope, basic recursion Modeling population growth 5 Computer lab Input and output - files, web Reading biological data from files and from web resources 6 Linear algebra Arrays and matrices, solving systems of linear equations Scientific programming libraries - Numpy and Scipy - Population genetics models - Networks (metabolic, protein-protein, gene, food webs) 7 Probability Random variables - Molecular dynamics with drift (Gillespie algorithm) - Agent based simulations 8 Calculus Differentiation and integration, Monte Carlo method for integration, systems of differential equations - Population dynamics (Lotka-Volterra, predator-prey) - Pattern formation (diffusion) 9 Statistics Hypothesis testing, linear regression, general linear models Handling datasets with split-apply-combine, Statistics libraries: pandas scipy.stats, statsmodels Loading biological data and performing statistical analysis 10 Visualization Generating publication-level plots with the matplotlib library Loading biological data and plotting it 11 Computer lab Students will work on their own projects with instructors supervision 12 13 14 Project presentations

דרישות קדם: אין