מטרותיו העיקריות של ביה"ס

עידוד תלמידים מצטיינים, פיתוח וייזום תכניות מחקר והוראה בתחומי מדעי היהדות, פרסום מחקרים והידוק שיתוף הפעולה המדעי עם מוסדות אקדמיים בארץ ובחו"ל בתחומי מדעי היהדות.